Trò chơi được bắt đầu với việc Jeremy tái tạo thành công Lyoko, đồng thời cũng tạo ra con tàu Skidbladnir - con tàu ngầm đưa các chiến binh Lyoko đi vào đại dương số.

Có 4 Replika (bản sao) là Băng (Ice), Núi (Mountain), Rừng (Forest), Sa mạc (Desert) và một Replika khác không giống bất kỳ lãnh thổ nào của Lyoko: Núi lửa (Volcano), là một khu vực quan trọng.

Nhiệm vụ chính của nhóm là giải cứu William và đi đến các Replika bằng tàu Skidbladnir, tìm ra các siêu máy tính mà XANA đang trú ngụ để phá hủy.

Sau này, Franz Hopper đã cung cấp các dữ liệu để xác định vị trí của William, và vị trí của William được xác định trên Volcano Replika. Các chiến binh Lyoko được dịch chuyển tới siêu máy tính - tạo ra Vocano Replika và chạy một chương trình hỗ trợ cho việc hiện thực hóa William, và đồng thời cũng tiêu diệt XANA.